Los años posteriores asistieron al deterioro del edificio. Su desmantelamiento progresivo, la desaparición de los retablos, apertura de ventanales, fuga del púlpito, las arañas de cristal, las placas conmemorativas y hasta la imagen del Santo Patrono intronizada en el altar mayor.

Atendida espiritualmente en un comienzo desde la sede parroquial de Nuestra Sra. Del Carmen de Zárate, pasaron por esta, los presbíteros Laceite, Ruiz Santana, Digiorno, Nuñez, Mendoza, Fernández Mendoza , Linares, Grosso, Cachau y Toral .

La primer boda se celebro el 28 de mayo de 1903. En 1939 - 1940 se elevó la categoría de esta iglesia a Vicaría con libros parroquiales y sacerdote residente. El Presbítero Teodoro Celorrio fue su primer sacerdote residente. Propulsó la Acción Católica rama femenina, el Apostolado de la Oración, las Hijas de María y el Coro de Angeles. Le sucedieron como capellanes perpetuos en esta iglesia, el Presbítero Gerasimo Fillat de 1951 a 1953, con un breve interinato del franciscano fray José de Larrañaga, asumió el 3 de octubre el Presbítero Rodolfo Canitano, quien se transformo en el primer párroco luego que por decreto del 10 de mayo de 1957, el Obispo de San Nicolás Monseñor Silvino Martínez elevó a Parroquia a la Iglesia de Lima, desmembrándola de la Parroquia de Ntra. Sra. del Carmen de Zárate.

Inaugurada bajo jurisdicción del obispado de La Plata en 1899, pasó a depender del de San Nicolás luego de la creación del mismo en 1947, y desde 1976 del Obispado Zárate - Campana .

En 1968 el Presbítero Osvaldo Guidi, nativo de Lima, se hace cargo de la parroquia. Hasta 1972 en que se alejó a la misma propulsó la actividad catequetica, su especialidad, en todos los ambientes de la Parroquia. Le sucedió el Presbítero Marcelo Iturbe hasta 1975. Luego el Presbítero Alberto Tamburo, quien desplegó un acentuado apostolado con los enfermos. En 1978 le sucedió el Presbítero Orlando Guido, hasta 1980 en que el Párroco de Nuestra Sra. de Lujan de Baradero, asumió la administración temporaria de la Parroquia.

Bajo la administración del Presbítero Luis Alberto Linera comenzó la reparación y pintura de la Iglesia. Se repusieron algunas de las bellísimas imágenes en el recinto del templo y revitalizaron el apostolado de la oración y la Legión de María . Se adquiere con fondos de ADVENIAT ( República Federal Alemana), un automóvil para la Parroquia.

El 12 de marzo de 1983 fue designado como administrador parroquial interino el canciller del obispado Presbítero Dr. Nestor Daniel Villa para atender la Parroquia, compaginando esa atención con las tareas de Curia y demás oficios ya asignados. Ese interinato se prolongó por cinco años exactos. Durante su gestión parroquial se estableció la Liga de Madres de Familia, se amplió la Legión de María, se fundó el cuerpo de monaguillos de la Parroquia, organizándolos. La Asociación cuenta con veinte niños que sirven al altar en las funciones litúrgicas. Se propulso la labor de Caritas (Ropero y farmacia parroquial) y a la asistencia a los indocumentados. La incorporación de secciones de adolescentes y juveniles a la Legión de María canalizó las aspiraciones de los más jóvenes. Asimismo se restableció la Acción Católica, se estableció el consejo de asuntos económicos y la junta parroquial confiriéndosele la presidencia temporaria a la presidenta de la Liga de Madres de Familia.

Con aportes de la Comisión Episcopal de Alemania Federal, ADVENIAT y ayuda vecinal, se procedió según proyecto del arquitecto Rodolfo Maldonado, a la reestructuración y restauración del templo. Previamente y con aportes de la misma comisión se remodeló totalmente la casa parroquial bajo la direccion del constructor Tomas.

Se fijó el Sagrario en el centro, se construyó el altar fijo revistiéndolo del anterior de madera. Se dotó de artesonado de madera labrada, ambon y sede el presbiterios, obra del artesano local Arcides Rinaudo. Se reparó totalmente la pared del fondo del presbiterio y se la dotó de vidrio y marco de contención para alojar el vitral de la Santisima Trinidad, obra del artesano porteño Roberto Giménez. El marco de contención fue puesto por el taller del artesano porteño Estruch, colaborando en su colocación el constructor Alberto Casado de la localidad.